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국회에서 의결된 조세특례제한법 일부개정법률을 이에 공포한다.
대통령 이명박 (인)
2010년 12월 27일
국무총리 김황식
국무위원 기획재정부 장관 윤증현

◉법률 제10406호
조세특례제한법 일부개정법률

조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제5조제1항 각 호 외의 부분 중 “투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)”를 “투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)”로, “제122조ㆍ제126조의2”를 “제126조의2”로 한다.

제6조제3항제19호 중 “사업”을 “사업 또는 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한한다)”으로 하고, 같은 항에 제23호부터 제26호까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
23. 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다)
24. 건물 및 산업설비 청소업
25. 경비 및 경호 서비스업
26. 시장조사 및 여론조사업

제7조제1항제1호커목 중 “사업”을 “사업 또는 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한한다)”으로 하고, 같은 호 로목 중 “고용알선업”을 “고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다)”으로 하며, 같은 호에 소목부터 초목까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
소. 「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업
오. 건물 및 산업설비 청소업
조. 경비 및 경호 서비스업
초. 시장조사 및 여론조사업

제7조의2제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제8조의2 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제2장제1절에 제8조의3을 다음과 같이 신설한다.
제8조의3(대ㆍ중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제) ① 내국법인이 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 상생협력을 위하여 2013년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출연을 하는 경우에는 해당 출연금의 100분의 7에 상당하는 금액을 출연한 날이 속하는 사업연도의 법인세에서 공제한다.
1. 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조제6호에 따른 수탁기업 등 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 조에서 “협력중소기업”이라 한다)에 대한 보증 또는 대출지원을 목적으로 「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금(이하 이 조에서 “신용보증기금”이라 한다) 또는 「기술신용보증기금법」에 따른 기술신용보증기금(이하 이 조에서 “기술신용보증기금”이라 한다)에 출연하는 경우
2. 협력중소기업의 연구, 인력개발, 생산성 향상 및 해외시장 진출을 지원하기 위한 것으로서 대통령령으로 정하는 목적으로 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」에 따른 대ㆍ중소기업협력재단(이하 이 조에서 “협력재단”이라 한다)에 출연하는 경우
② 신용보증기금, 기술신용보증기금 및 협력재단은 제1항에 따라 세액공제를 적용받은 해당 출연금을 회계처리할 때에는 다른 자금과 구분경리하여야 한다.
③ 신용보증기금, 기술신용보증기금 또는 협력재단은 제1항에 따라 받은 출연금을 같은 항에 따른 지원목적 외의 용도로 사용한 경우에는 해당 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 내국법인이 공제받은 세액상당액을 법인세로 납부하여야 한다.
④ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제10조제1항제3호나목을 다음과 같이 한다.
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우: 100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)
100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

제11조제1항 중 “투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)”를 “투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)”로 한다.

제12조의2제1항 각 호 외의 부분 중 “사업장”을 “사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)”으로, “제2항과 제3항”을 “제2항부터 제6항까지의 규정”으로 하고, 같은 조 제3항을 제7항으로 하며, 같은 조에 제3항부터 제6항까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20
④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑤ 제3항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제18조의2제1항을 삭제하고, 같은 조 제2항 전단 중 “외국인근로자가”를 “외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 “외국인근로자”라 한다)이”로 하며, 같은 항 후단 중 “비과세(제1항의 경우를 포함한다)”를 “비과세”로 하고, 같은 조 제4항을 제5항으로 하며, 같은 조에 제4항을 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제5항(종전의 제4항) 중 “제2항에 따른 과세특례를”을 “제2항이나 제4항을”로 한다.
④ 원천징수의무자는 외국인근로자에게 매월분의 근로소득을 지급할 때 「소득세법」 제134조제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 15를 곱한 금액을 원천징수할 수 있다.

제24조제1항 각 호 외의 부분 중 “생산성향상을 도모하기 위하여”를 “생산성 향상을 위하여”로, “투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)”를 “투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)”로 하고, 같은 항 제4호 및 제5호를 각각 삭제하며, 같은 조 제2항 중 “생산성향상을 도모하기 위하여”를 “생산성 향상을 위하여”로, “제1항제4호부터 제7호까지의 규정”을 “제1항제6호 및 제7호”로 한다.

제25조제1항 각 호 외의 부분 전단 중 “투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)”를 “투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)”로 한다.

제25조의2제1항을 다음과 같이 한다.
① 내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에 2011년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

제25조의3제1항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로, “투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)”를 “투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)”로 한다.

제25조의4제1항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로, “투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)”를 “투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)”로 한다.

제26조를 다음과 같이 한다.
제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2011년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 그 공제받는 금액(이하 이 조에서 “고용창출투자세액공제액”이라 한다)은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 한도(이하 이 조에서 “공제한도”라 한다)로 한다.
[해당 과세연도의 상시근로자 수 - 해당 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자로서 대통령령으로 정하는 청년근로자 수(이하 이 항에서 “청년근로자수”라 한다) - 직전 과세연도의 상시근로자 수] × 1천만원 + 청년근로자수 × 1천500만원
② 제1항 단서를 적용받아 공제받지 못한 금액을 제144조에 따라 이월공제받는 경우 해당 과세연도의 공제한도는 제1항 단서에 따라 계산한 한도 금액에서 그 이월공제받는 금액을 뺀 금액으로 한다.
③ 내국법인이 「법인세법」 제63조에 따른 중간예납[같은 법 제63조제1항 단서 및 제4항에 따라 중간예납(中間豫納)하는 경우는 제외한다]을 할 때 그 중간예납기간에 제1항이 적용되는 투자를 한 경우에는 그 중간예납세액에서 그 투자분에 해당하는 고용창출투자세액공제액(다음 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 한다. 이하 이 항에서 같다)을 빼고 중간예납할 수 있다. 이 경우 고용창출투자세액공제액을 뺀 후의 중간예납세액이 제132조에 따라 계산한 직전 과세연도 최저한세액(最低限稅額)의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 고용창출투자세액공제액은 빼지 아니한다.
[중간예납기간의 상시근로자 수 - 중간예납기간에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자로서 대통령령으로 정하는 청년근로자 수(이하 이 항에서 “중간예납기간의 청년근로자수”라 한다) - 직전 과세연도의 상시근로자 수] × 1천만원 + 중간예납기간의 청년근로자수 × 1천500만원
④ 거주자가 「소득세법」 제65조에 따른 중간예납을 할 때 그 중간예납기간에 제1항이 적용되는 투자를 한 경우에는 그 중간예납세액에서 그 투자분에 해당하는 고용창출투자세액공제액(그 중간예납세액 중 사업소득에 대한 세액과 다음 계산식에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 한도로 한다. 이하 이 항에서 같다)을 뺀 금액을 중간예납세액으로 하여 11월 1일부터 11월 30일까지의 기간에 납세지 관할 세무서장에게 신고할 수 있다. 이 경우 그 중간예납세액이 제132조에 따라 계산한 직전 과세연도의 사업소득에 대한 최저한세액의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 고용창출투자세액공제액은 빼지 아니한다.
[중간예납기간의 상시근로자 수 - 중간예납기간에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자로서 대통령령으로 정하는 청년근로자 수(이하 이 항에서 “중간예납기간의 청년근로자수”라 한다) - 직전 과세연도의 상시근로자 수] × 1천만원 + 중간예납기간의 청년근로자수 × 1천500만원
⑤ 거주자가 제4항에 따라 신고를 한 경우에는 「소득세법」 제65조제3항에 따라 신고한 것으로 보고 같은 법(제65조제9항 후단은 제외한다)을 적용한다.
⑥ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 공제(제144조에 따라 이월공제받은 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑦ 제3항 및 제4항에 따라 공제받은 고용창출투자세액공제액이 해당 과세연도의 고용창출투자세액공제액을 초과하는 경우에는 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 그 초과하는 부분에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑧ 제1항부터 제4항까지, 제6항 및 제144조제1항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

제30조의3제1항 각 호 외의 부분 중 “2010년 12월 31일”을 “2011년 12월 31일”로 하고, 같은 조 제3항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2011년 12월 31일”로 한다.

제30조의5제1항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제30조의6제1항 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 하고, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 가업의 승계 후 가업의 승계 당시 해당 주식등의 증여자 및 「상속세 및 증여세법」 제22조제2항에 따른 최대주주 또는 최대출자자에 해당하는 자(가업의 승계 당시 해당 주식등을 증여받는 자는 제외한다)로부터 증여받는 경우에는 그러하지 아니하다.

제33조제1항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제34조제1항 각 호 외의 부분 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제37조제1항제2호 중 “100분의 95 이상이고”를 “100분의 95 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고”로 하고, 같은 조 제4항 전단 중 “산입하지 아니한 금액”을 “산입하지 아니한 금액, 「법인세법」 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제”로 하며, 같은 항 후단 중 “결손금”을 “결손금, 「법인세법」 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제”로 하고, 같은 조 제5항 중 “처분손실”을 “처분손실 및 피인수법인으로부터 승계한 감면ㆍ세액공제”로 하며, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분 중 “대통령령으로 정하는 기간에”를 “3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에”로, “차액”을 “차액(인수대가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)”으로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분에 후단을 다음과 같이 신설한다.
이 경우 제5항에 따라 피인수법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등은 「법인세법」 제44조의3제3항을 준용하여 처리한다.

제38조제1항 각 호 외의 부분 단서를 삭제하고, 같은 항 제2호 중 “100분의 80 이상이고”를 “100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고”로 하며, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 중 “이후”를 “이후 3년 이내의 범위에서”로, “차액”을 “차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)”으로 한다.

제38조의2의 제목 중 “현물출자 또는 교환ㆍ이전”을 “현물출자 등”으로 하고, 같은 조 제1항을 다음과 같이 한다.
① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.
1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

제38조의2제2항 각 호 외의 부분 중 “다음 각 호”를 “제1항 각 호 및 다음 각 호”로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분에 후단을 다음과 같이 신설한다.
이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 “지주회사”는 “전환지주회사”로, “자회사”는 “지분비율미달자회사”로, “현물출자”는 “현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다.

제38조의2제3항을 다음과 같이 하고, 같은 조 제5항을 제6항으로 하며, 같은 조에 제5항을 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제6항(종전의 제5항) 중 “제4항”을 “제5항”으로, “양도차익의 계산”을 “양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준”으로 한다.
③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우
3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우
4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우
⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

제39조제1항제1호 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 하고, 같은 항 제2호 중 “2011년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제40조제1항 각 호 외의 부분 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 하고, 같은 항 제2호 및 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 중 “2010년 12월 31일”을 각각 “2012년 12월 31일”로 한다.

제45조제1항 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제46조제1항 각 호 외의 부분 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제47조의4제1항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제52조 각 호 외의 부분 중 “제117조ㆍ제119조 및 제120조”를 각각 “제117조 및 제120조”로 한다.

제63조의2제2항제2호가목 중 “양도차익”을 “양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득”으로 한다.

제69조제1항 본문 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로, “직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세ㆍ감면 및 소액부징수(少額不徵收) 대상을 포함한다]이 되는 토지”를 “직접 경작한 토지”로 한다.

제70조제1항 본문 중 “직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지”를 “직접 경작한 토지”로 한다.

제71조제1항제1호가목 중 “「지방세법」에 따라 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 농지”를 “직접 경작한 농지”로 한다.

제73조를 삭제한다.

제74조제1항제7호를 다음과 같이 한다.
7. 다음 각 목의 국제행사 조직위원회
가. 「2012여수세계박람회 지원특별법」에 따라 설립된 2012여수세계박람회조직위원회(이하 “2012여수세계박람회조직위원회”라 한다)
나. 「2011대구세계육상선수권대회, 2014인천아시아경기대회 및 2015광주하계유니버시아드대회 지원법」에 따라 설립된 2011대구세계육상선수권대회조직위원회(이하 “2011대구세계육상선수권대회조직위원회”라 한다), 2014인천아시아경기대회조직위원회(이하 “2014인천아시아경기대회조직위원회”라 한다) 및 2015광주하계유니버시아드대회조직위원회(이하 “2015광주하계유니버시아드대회조직위원회”라 한다)
다. 「2012세계자연보전총회 지원특별법」에 따라 설립된 2012세계자연보전총회조직위원회(이하 “2012세계자연보전총회조직위원회”라 한다)

제74조에 제4항을 다음과 같이 신설한다.
④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조제2항제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득의 100분의 80에 해당하는 금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

제77조제2항부터 제8항까지를 각각 제3항부터 제9항까지로 하고, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설한다.
② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

제77조제3항(종전의 제2항) 각 호 외의 부분 중 “제1항”을 “제1항 또는 제2항”으로 하고, 같은 조 제5항(종전의 제4항) 중 “제1항제1호 또는 제2호”를 “제1항제1호ㆍ제2호 또는 제2항”으로, “제2항”을 “제3항”으로, “제3항”을 “제4항”으로 하며, 같은 조 제6항(종전의 제5항) 중 “공익사업 또는 정비사업의 시행자”를 “사업시행자”로 하고, 같은 조 제8항(종전의 제7항) 중 “제3항”을 “제4항”으로 한다.

제77조제9항(종전의 제8항) 중 “제1항”을 “제1항 및 제2항”으로, “상속받은 토지등은 피상속인이”를 “상속받거나 「소득세법」 제97조제4항이 적용되는 증여받은 토지등은 피상속인 또는 증여자가”로 한다.

제85조의6의 제목 “(사회적기업에 대한 법인세 등의 감면)”을 “(사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면)”으로 하고, 같은 조 제1항 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 하며, 같은 조 제2항, 제3항 및 제4항을 각각 제3항, 제5항 및 제6항으로 하고, 같은 조에 제2항 및 제4항을 각각 다음과 같이 신설한다.
② 2013년 12월 31일까지 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제2조제8호에 따른 장애인 표준사업장으로 인정받은 내국인은 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(인정을 받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
④ 제2항을 적용할 때 세액감면기간 중 해당 장애인 표준사업장이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세연도부터 제2항에 따른 법인세 또는 소득세를 감면받을 수 없다.
1. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제21조 또는 제22조에 따른 융자 또는 지원을 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 받은 경우
2. 사업주가 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제21조 또는 제22조에 따라 받은 융자금 또는 지원금을 같은 규정에 따른 용도에 사용하지 아니한 경우
3. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제2조제8호에 따른 기준에 미달하게 된 경우

제85조의6제5항(종전의 제3항) 중 “제1항”을 “제1항 및 제2항”으로, “제2항제1호”를 “제3항제1호 또는 제4항제1호”로 하고, 같은 조 제6항(종전의 제4항) 중 “제1항”을 “제1항 및 제2항”으로 한다.

제86조의2제1항 본문ㆍ단서 및 같은 조 제5항 본문 중 “300만원”을 각각 “400만원”으로 한다.

제87조제9항제2호 중 “1월 20일”을 “3월 31일”로 한다.

제87조의5제2항 전단 중 “「선박투자회사법」 제13조”를 “「선박투자회사법」 제2조제1호”로, “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로, “3억원”을 “1억원”으로 하고, 같은 항 후단 중 “3억원”을 “1억원”으로 한다.

제88조의4제13항 중 “기부금 및 제73조에 따른 기부금을 차례대로”를 “기부금을”로 한다.

제90조의2제1항 중 “제89조의2제1항, 제91조제7항”을 “제89조의2제1항”으로, “제91조의6제4항, 제91조의8제2항”을 “제91조의6제4항”으로 한다.

제91조를 삭제한다.

제91조의4제1항 전단 중 “「사회기반시설에 대한 민간투자법」”을 “「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제41조”로, “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제91조의8을 삭제한다.

제94조제1항 각 호 외의 부분 중 “100분의 7”을 “100분의 7(제1호 또는 제2호의 시설로서 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택과 제3호의 시설을 취득한 경우에는 100분의 10)”으로 하고, 같은 항에 제5호를 다음과 같이 신설한다.
5. 종업원용 휴게실 또는 체력단련실

제99조의5제1항 각 호 외의 부분 전단 중 “2009년 12월 31일”을 “2011년 12월 31일”로 하고, 같은 항 제2호 중 “2009년 12월 31일 현재 폐업한 사람으로서”를 “2011년 12월 31일 이전에 폐업한 후”로, “2010년 12월 31일”을 각각 “2012년 12월 31일”로 하며, 같은 조 제2항 중 “2011년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제100조의23에 제3항을 다음과 같이 신설한다.
③ 동업기업은 제1항에 따른 신고를 할 때 각 동업자에게 해당 동업자와 관련된 신고 내용을 통지하여야 한다.

제2장제10절의4(제100조의27부터 제100조의34까지)를 삭제한다.

제101조 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제104조의7제1항 단서 중 “경우에는”을 “경우 해당 사업연도 이후부터는”으로 하고, 같은 조 제2항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제104조의14제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제104조의15제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 하고, 같은 항 제2호 중 “출자로서 대통령령으로 정하는 외국법인에 대한 출자”를 “외국법인에 대한 출자로서 대통령령으로 정하는 출자”로 한다.

제104조의16제1항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 하고, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 중 “전액”을 “발행주식총수의 100분의 50 이상을”로, “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 하며, 같은 항 제2호 중 “같은 법 제24조에 따른 기부금과 제73조에 따른 기부금”을 “같은 법 제24조에 따른 기부금”으로 한다.

제104조의19제1항 중 “「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(「주택법」 제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 「도시 및 주거환경정비법」 제7조부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다. 이하 “주택건설사업자”라 한다)”를 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)”로 하고, 같은 항에 제1호부터 제4호까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자
2. 「주택법」 제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체
3. 「도시 및 주거환경정비법」 제7조부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자
4. 「법인세법」 제51조의2제1항제9호에 따른 법인

제2장제11절에 제104조의22부터 제104조의24까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
제104조의22(기업의 운동경기부 설치ㆍ운영에 대한 과세특례) ① 내국법인이 2013년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 종목의 운동경기부(이하 이 조에서 “운동경기부”라 한다)를 설치하는 경우 설치한 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 사업연도까지 해당 운동경기부의 운영에 드는 비용 중 대통령령으로 정하는 비용의 100분의 10에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다.
② 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
③ 제1항을 적용받은 내국법인이 운동경기부를 설치한 날부터 3년 이내에 해당 운동경기부를 해체하거나 대통령령으로 정하는 선수단 구성 등에 관한 요건을 갖추지 못한 경우에는 해당 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
제104조의23(국제회계기준 등 적용 내국법인에 대한 대손충당금 환입액의 익금불산입) ① 내국법인이 2011년 12월 31일이 속하는 사업연도 이전에 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조제1항제1호에 따른 회계처리기준(이하 이 조에서 “국제회계기준”이라 한다) 또는 같은 조 제1항제2호 및 제4항에 따라 한국회계기준원이 제정한 일반기업회계기준(이하 이 조에서 “일반기업회계기준”이라 한다)을 최초로 적용하는 경우 해당 사업연도의 소득금액 계산을 할 때 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 익금에 산입하지 아니할 수 있다.
1. 「법인세법」 제34조제4항에 따라 익금에 산입하여야 하는 직전 사업연도 대손충당금의 잔액
2. 「법인세법」 제34조제1항에 따른 해당 사업연도의 대손충당금 손금 산입액
② 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 이후 사업연도에 「법인세법」 제34조제1항에 따라 손금에 산입하여야 할 금액이 같은 조 제4항에 따라 익금에 산입하여야 할 금액보다 큰 경우 그 차액과 상계하며, 상계하고 남은 금액은 2013년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 국제회계기준 또는 일반기업회계기준을 최초로 적용하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 대손충당금익금불산입신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
제104조의24(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 국외에서 2년 이상 계속하여 운영하던 사업장을 국내(수도권은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)로 이전하여 2012년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설하는 경우에는 이전 후의 사업장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
1. 사업장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장을 국내로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우
③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우 이자상당가산액에 관하여는 제33조의2제4항을 준용한다.
④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 세액감면 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제106조제1항 각 호 외의 부분 후단 중 “제1호부터 제3호까지 및 제9호”를 “제1호부터 제3호까지, 제9호 및 제12호”로, “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 하고, 같은 항에 제4호의4, 제12호를 각각 다음과 같이 신설한다.
4의4. 「노인복지법」 제32조제1항제3호에 따른 노인복지주택(이하 이 호에서 “노인복지주택”이라 한다)의 관리ㆍ운영자, 경비업자 및 청소업자가 「주택법」에 따른 국민주택 규모 이하의 노인복지주택에 공급하는 대통령령으로 정하는 일반관리용역ㆍ경비용역 및 청소용역
12. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제2조제7호에 따른 임산물 중 목재펠릿

제106조제2항 각 호 외의 부분 후단 중 “제11호”를 “제11호 및 제14호”로 하고, 같은 항에 제14호를 다음과 같이 신설한다.
14. 2012세계자연보전총회조직위원회 또는 지방자치단체가 「2012세계자연보전총회 지원특별법」 제2조에 따라 2012년에 개최되는 세계자연보전총회 운영에 사용하거나 같은 법 제5조제5항에 따른 보전총회 관련 시설의 제작ㆍ건설에 사용하기 위한 물품으로서 국내제작이 곤란한 것

제106조의2의 제목 중 “감면”을 “감면 등”으로 하고, 같은 조 제10항 각 호 외의 부분 중 “2년간”을 “2년간(제9항에 따른 추징세액을 2년이 경과한 날까지 납부하지 아니한 경우에는 그 추징세액을 납부하는 날까지)”으로 하며, 같은 조 제12항제3호가목 중 “부가가치세, 개별소비세 및 주행세”를 “부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 주행세”로 한다.

제106조의3제1항 각 호 외의 부분 및 제2항 중 “2010년 12월 31일”을 각각 “2011년 12월 31일”로 한다.

제106조의4제1항 중 “이 조 및 제122조제5항”을 “이 조”로 한다.

제111조제2항 중 “2010년 12월 31일”을 “2011년 12월 31일”로 한다.

제111조의2의 제목 중 “경형자동차 및 소형 화물자동차”를 “경형자동차”로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 하며, 같은 조 제2항을 삭제하고, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분과 제4항 전단 중 “제1항 및 제2항”을 각각 “제1항”으로 하며, 같은 조 제12항 중 “제1항부터 제11항까지의 규정”을 “제1항 및 제3항부터 제11항까지의 규정”으로 한다.

제111조의3의 제목 중 “면제”를 “감면”으로 하고, 같은 조 제1항 중 “2011년 4월 30일”을 “2012년 12월 31일”로, “개별소비세 및 교육세를 면제한다”를 “킬로그램당 개별소비세 및 교육세 합계액 중 킬로그램당 40원을 감면한다”로 하며, 같은 조 제2항 중 “면제받으려는”을 “감면받으려는”으로 하고, 같은 조 제3항, 같은 조 제5항제1호ㆍ제2호, 같은 조 제7항 및 같은 조 제8항 각 호 외의 부분 중 “면세액”을 각각 “감면액”으로 한다.

제112조 및 제112조의2를 각각 삭제한다.

제116조제1항에 제24호를 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제2항 중 “제21호는”을 “제21호와 제24호는”으로 한다.
24. 2012세계자연보전총회조직위원회가 작성하는 서류

제117조제1항제14호 중 “같은 법 제44조제1항 각 호의 요건을 갖춘 합병, 같은 법 제46조제1항 각 호”를 “같은 법 제44조제2항 각 호 또는 제3항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항 각 호”로 한다.

제118조제1항제10호 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 하고, 같은 항에 제15호를 다음과 같이 신설한다.
15. 2012세계자연보전총회조직위원회ㆍ지방자치단체 또는 보전총회 관련 시설의 시공자가 「2012세계자연보전총회 지원특별법」 제2조에 따른 세계자연보전총회 운영에 사용하거나 같은 법 제5조제5항에 따른 보전총회 관련 시설의 제작ㆍ건설에 사용하기 위하여 수입하는 물품

제119조 및 제120조를 각각 다음과 같이 한다.
제119조(등록면허세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록면허세를 면제(제3호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」 제28조제2항ㆍ제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
1. 「국유재산법」에 따른 현물출자의 등기
2. 특별법에 따라 설립된 법인 중 대통령령으로 정하는 법인이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직 변경됨에 따른 법인설립 등기
3. 「자산유동화에 관한 법률」 제2조제5호에 따른 유동화전문회사(자산유동화업무를 전업으로 하는 외국법인을 포함한다. 이하 “유동화전문회사”라 한다)가 같은 법 제3조에 따라 등록한 자산유동화계획에 따라 같은 법 제2조제2호에 따른 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2012년 12월 31일까지 유동화자산을 양수하거나 양수한 유동화자산을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기
가. 저당권의 이전에 관한 등기
나. 경매신청, 가압류, 가처분에 관한 등기 또는 가등기
4. 예금보험공사가 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제8조ㆍ제11조 및 제12조에 따라 출자하는 경우 그 출자에 관한 등기
5. 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사(이하 “한국주택금융공사”라 한다)가 같은 법 제23조에 따라 등록한 채권유동화계획에 따라 2012년 12월 31일까지 금융회사 등으로부터 주택저당채권을 양수하거나 양수한 주택저당채권을 관리ㆍ운용ㆍ처분하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기
가. 저당권의 이전에 관한 등기
나. 경매신청ㆍ가압류 또는 가처분에 관한 등기 또는 가등기
6. 금융지주회사가 제38조의2에 따라 주식이전을 받거나 주식교환을 함으로써 등기하는 경우 그 출자에 관한 등기
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다.
1. 창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]
2. 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소 변경으로 인한 등기
3. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2제1항제2호다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기
③ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 선박투자회사, 「기업구조조정투자회사법」에 따른 기업구조조정투자회사, 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사(같은 법에 따른 자기관리 부동산투자회사는 제외한다), 「임대주택법」 제17조제1항제2호에 따른 특수 목적 법인, 「법인세법」 제51조의2제1항제6호에 해당하는 회사(이하 제120조제4항에서 “프로젝트금융투자회사”라 한다), 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 사모투자전문회사 및 투자목적회사 또는 「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화산업전문회사가 2012년 12월 31일까지 설립등기(설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하는 경우 그 등기에 대하여는 「지방세법」 제28조제2항ㆍ제3항의 세율을 적용하지 아니한다.
제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다.
1. 「국유재산법」에 따라 현물출자한 재산
2. 제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산
3. 특별법에 따라 설립된 법인 중 대통령령으로 정하는 법인이 그 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직 변경됨에 따라 취득하는 사업용 재산
4. 한국자산관리공사가 취득하는 재산(대통령령으로 정하는 재산만 해당한다)
5. 「법인세법」 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산. 다만, 「법인세법」 제47조의2제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.
6. 「법인세법」 제46조제2항 각 호(물적분할인 경우에는 같은 법 제47조제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산. 다만, 「법인세법」 제46조의3제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조제3항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.
7. 「법인세법」 제50조에 따른 자산교환에 따라 취득하는 재산
8. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 금융기관, 한국자산관리공사, 예금보험공사 또는 정리금융기관이 적기시정조치(영업의 양도 또는 계약이전에 관한 명령만 해당한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 양수한 재산
9. 유동화전문회사가 「자산유동화에 관한 법률」 제3조에 따라 등록한 자산유동화계획에 따라 같은 법 제2조제2호에 따른 자산보유자 또는 다른 유동화전문회사로부터 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
10. 한국주택금융공사가 「한국주택금융공사법」 제23조에 따라 등록한 채권유동화계획에 따라 2012년 12월 31일까지 금융회사 등으로부터 저당권의 실행에 따라 취득한 주택
11. 예금보험공사 또는 정리금융기관이 취득하는 재산(대통령령으로 정하는 재산만 해당한다)
12. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 취득하는 재산(대통령령으로 정하는 재산만 해당한다)
13. 「농업협동조합법」에 따른 조합, 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 상호금융예금자보호기금 및 농업협동조합자산관리회사가 적기시정조치(사업양도 또는 계약이전에 관한 명령만 해당한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실농협조합으로부터 양수한 재산
14. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 상호금융예금자보호기금이 취득하는 재산(대통령령으로 정하는 재산만 해당한다)
15. 「수산업협동조합법」에 따른 조합 및 「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 상호금융예금자보호기금이 적기시정조치(사업양도 또는 계약이전에 관한 명령만 해당한다) 또는 계약이전결정을 받은 부실수협조합으로부터 양수한 재산
16. 「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 상호금융예금자보호기금이 취득하는 재산(대통령령으로 정하는 재산만 해당한다)
17. 한국자산관리공사가 「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 제26조제1항제5호에 따라 합병ㆍ전환ㆍ정리 등 구조조정 또는 재무구조개선을 도모하는 법인과 그 계열기업(이하 이 호에서 “구조개선기업”이라 한다)으로부터 취득하는 재산(구조개선기업이 구조조정 또는 재무구조개선 목적으로 매각하는 재산만 해당한다)
18. 제37조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 자산의 포괄적 양도로 인하여 취득하는 재산. 다만, 제37조제6항 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 조 제7항에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.
② 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수하는 재산의 취득에 대하여는 「지방세법」 제15조제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 해당 재산이 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다.
1. 「지방세법」 제13조제1항에 따른 취득 재산에 대하여는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)에서 100분의 300의 세율을 적용하여 산정한 금액
2. 「지방세법」 제13조제5항에 따른 취득 재산에 대하여는 중과기준세율에서 100분의 500의 세율을 적용하여 산정한 금액
③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「지방세법」 제13조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산
⑤ 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.
⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 「지방세기본법」 제47조제2호에 따른 과점주주(寡占株主)에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대하여는 「지방세법」 제7조제5항을 적용하지 아니한다.
1. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 계약이전결정에 따라 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우
2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우
3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 「금융지주회사법」에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우
4. 예금보험공사 또는 정리금융기관이 「예금자보호법」 제36조의5제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우
5. 한국자산관리공사가 「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」 제26조제1항제1호에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우
6. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 따른 농업협동조합자산관리회사가 같은 법 제30조제3호다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우
7. 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 제38조제2항에 해당하는 경우(같은 조 제3항에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 취득세를 추징한다.

제120조의2를 삭제한다.

제121조 중 “재산세”를 “재산세(「지방세법」 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)”로 한다.

제121조의2제1항 각 호 외의 부분 중 “취득세, 등록세”를 “취득세”로 하고, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 본문 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하며, 같은 항 각 호 외의 부분 단서 중 “「지방세법」 제9조”를 “「지방세특례제한법」 제4조”로 하고, 같은 항 제1호 본문ㆍ단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 본문 중 “취득세, 등록세”를 각각 “취득세”로 하며, 같은 조 제5항 각 호 외의 부분 단서 중 “「지방세법」 제9조”를 “「지방세특례제한법」 제4조”로 하고, 같은 항 제1호 중 “취득세 및 등록세”를 “취득세”로 한다.

제121조의2제8항 단서 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하고, 같은 조 제12항 각 호 외의 부분 본문 중 “취득세, 등록세”를 “취득세”로 하며, 같은 항 각 호 외의 부분 단서 중 “「지방세법」 제9조”를 “「지방세특례제한법」 제4조”로 하고, 같은 항 제3호 각 목 외의 부분, 같은 호 가목 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 중 “취득세ㆍ등록세”를 각각 “취득세”로 하며, 같은 항 제4호 가목 중 “취득세 및 등록세”를 “취득세”로 하고, 같은 조에 제14항부터 제17항까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
⑭ 제2항 및 제12항제1호가 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 투자금액을 기준으로 한 한도로서 다음 각 목의 구분에 따른 금액
가. 제1항제1호 및 제2호의 경우: 대통령령으로 정하는 외국인투자누계액(이하 이 항에서 “외국인투자누계액”이라 한다)의 100분의 70
나. 제1항제2호의2부터 제2호의7까지, 제3호 및 제12항제1호의 경우: 외국인투자누계액의 100분의 50
2. 고용을 기준으로 한 한도로서 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 해당 외국인투자기업의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 외국인투자누계액의 100분의 20
⑮ 제2항 및 제12항제1호에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제14항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
<16> 제14항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 외국인투자기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
<17> 제14항 및 제16항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제121조의4에 제5항을 다음과 같이 신설한다.
⑤ 제1항에 따라 증자분에 대한 조세감면에 대하여 제121조의2를 준용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제121조의5제3항 각 호 외의 부분 전단 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 한다.

제121조의8제2항을 제6항으로 하고, 같은 조에 제2항부터 제5항까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
② 제1항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 제주첨단과학기술단지 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20
③ 제1항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제2항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
④ 제2항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑤ 제2항 및 제4항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제121조의9제1항 각 호 외의 부분 중 “제2항 및 제3항”을 “제2항부터 제7항까지의 규정”으로, “취득세, 등록세”를 “취득세”로 하고, 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 본문 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하며, 같은 항 제1호 중 “취득세 및 등록세”를 “취득세”로 한다.

제121조의9제4항을 제8항으로 하고, 같은 조에 제4항부터 제7항까지를 각각 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제8항(종전의 제4항) 중 “「지방세법」 제292조”를 “「지방세특례제한법」 제98조”로 한다.
④ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20
⑤ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑥ 제4항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제121조의12제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분 단서 중 “취득세 및 등록세”를 “취득세”로 하며, 같은 항에 제6호를 다음과 같이 신설한다.
6. 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 3년이 되는 날이 속하는 과세연도) 종료일 이후 2년 이내에 제121조의9제1항에 따른 조세감면기준에 해당하는 투자가 이루어지지 아니한 경우

제121조의12제2항을 제3항으로 하고, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설한다.
② 제1항제6호에 해당하는 경우에는 해당 과세연도와 남은 감면기간 동안 제121조의9제2항을 적용하지 아니한다.

제121조의14제1항 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제121조의15제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “취득세 및”을 “「지방세법」 제12조제1항제1호에 따른 취득세율에서 1천분의 20을 경감하여 취득세를 과세하고,”로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분 단서 중 “면제된 취득세 및 지방교육세를”을 “경감된 취득세 및 면제된 지방교육세를”로 하며, 같은 조 제2항 중 “공동시설세”를 “「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세”로 한다.

제121조의16제1항 중 “취득세와 등록세”를 “취득세”로, “재산세ㆍ도시계획세 및 공동시설세”를 “재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세”로 하고, 같은 조 제2항 중 “등록세”를 “등록면허세”로 한다.

제121조의17제1항 각 호 외의 부분 중 “제4항”을 “제8항”으로, “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하고, 같은 조 제3항 중 “취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세”를 “취득세 및 재산세”로, “「지방세법」 제9조에 따라 행정안전부장관의 허가를 받아”를 “「지방세특례제한법」 제4조에 따라”로 한다.

제121조의17제4항 및 제5항을 각각 제8항 및 제9항으로 하고, 같은 조에 제4항부터 제7항까지를 각각 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제8항(종전의 제4항) 중 “제3항까지의 규정을 적용함에 있어”를 “제7항까지의 규정을 적용할 때 창업의 범위에 관하여는”으로 하고, 같은 조 제9항(종전의 제5항) 중 “「지방세법」 제292조”를 “「지방세특례제한법」 제98조”로 한다.
④ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20
⑤ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑥ 제4항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제121조의18제1항 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제121조의19제3항 중 “취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세”를 “취득세 및 재산세”로 하고, “「지방세법」 제9조에 따라 행정안전부장관의 허가를 받아”를 “「지방세특례제한법」 제4조에 따라”로 한다.

제121조의20의 제목 중 “감면”을 “감면 등”으로 하고, 같은 조 제1항 중 “제4항”을 “제7항”으로, “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하며, 같은 조 제3항 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로, “「지방세법」 제9조에 따라 행정안전부장관의 허가를 받아”를 “「지방세특례제한법」 제4조에 따라”로 한다.

제121조의20제4항을 제11항으로 하고, 같은 조에 제4항부터 제10항까지를 각각 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제11항(종전의 제4항) 중 “「지방세법」 제292조”를 “「지방세특례제한법」 제98조”로 한다.
④ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 제1항에 따른 투자진흥지구의 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20
⑤ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑥ 제4항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑧ 세무서장은 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 3년이 되는 날이 속하는 과세연도) 종료일 이후 2년 이내에 제1항에 따른 조세감면기준에 해당하는 투자가 이루어지지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 감면된 법인세 또는 소득세를 추징한다.
⑨ 제8항에 해당하는 경우에는 해당 과세연도와 남은 감면기간 동안 제2항을 적용하지 아니한다.
⑩ 취득세 및 재산세의 추징에 대하여는 「지방세특례제한법」 제4조에 따라 조례로 정할 수 있다.

제121조의21의 제목 중 “감면”을 “감면 등”으로 하고, 같은 조 제1항 중 “사업장에서”를 “사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)에서”로, “제4항”을 “제7항”으로, “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로 하며, 같은 조 제3항 중 “취득세ㆍ등록세”를 “취득세”로, “「지방세법」 제9조에 따라 행정안전부장관의 허가를 받아”를 “「지방세특례제한법」 제4조에 따라”로 한다.

제121조의21제4항을 제11항으로 하고, 같은 조에 제4항부터 제10항까지를 각각 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제11항(종전의 제4항) 중 “「지방세법」 제292조”를 “「지방세특례제한법」 제98조”로 한다.
④ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.
1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50
2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액
가. 해당 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원
나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20
⑤ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.
⑥ 제4항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑧ 세무서장은 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 3년이 되는 날이 속하는 과세연도) 종료일 이후 2년 이내에 제1항에 따른 조세감면기준에 해당하는 투자가 이루어지지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 감면된 법인세 또는 소득세를 추징한다.
⑨ 제8항에 해당하는 경우에는 해당 과세연도와 남은 감면기간 동안 제2항을 적용하지 아니한다.
⑩ 취득세 및 재산세의 추징에 대하여는 「지방세특례제한법」 제4조에 따라 조례로 정할 수 있다.

제122조를 삭제한다.

제122조의3제1항 각 호 외의 부분 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2012년 12월 31일”로 한다.

제126조의2제5항 중 “「소득세법」 제127조제4항”을 “「소득세법」 제127조제7항”으로 한다.

제126조의3제2항 전단 중 “2010년 12월 31일”을 “2013년 12월 31일”로 한다.

제127조제2항 중 “동시에 적용되는 경우에는”을 “동시에 적용되는 경우와 동일한 과세연도에 제26조 및 제30조의4가 동시에 적용되는 경우에는 각각”으로 하고, 같은 조 제4항 중 “제85조의6, 제121조의8, 제121조의9제2항 및 제121조의17제2항”을 “제85조의6제1항ㆍ제2항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항”으로, “제5조”를 “제5조, 제8조의3”으로, “제104조의15 및 제104조의18제2항”을 “제104조의15, 제104조의18제2항 및 제104조의22”로 하며, 같은 조 제5항 중 “제85조의6, 제121조의8, 제121조의9제2항”을 “제85조의6제1항ㆍ제2항, 제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항”으로 하고, 같은 조 제6항 중 “제121조의9제3항 또는 제121조의17제3항”을 “제121조의9제3항, 제121조의17제3항, 제121조의20제3항, 제121조의21제3항”으로 한다.

제128조제2항 중 “제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항”을 “제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항”을 “제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항”으로 하며, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 본문 중 “제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항”을 “제104조의24제1항, 제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항, 제121조의21제2항”으로 하고, 같은 항 제1호의 “개설하여야”를 “신고하여야”로 한다.

제129조의 제목 중 “감면 배제”를 “감면 배제 등”으로 하고, 같은 조 제목 외의 부분을 제2항으로 하며, 같은 조에 제1항을 다음과 같이 신설한다.
① 「소득세법」 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」 제91조제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다.

제132조제1항 각 호 외의 부분 중 “100분의 14(과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7)”를 “100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]”로 하고, 같은 항 제3호 중 “제7조의2”를 “제7조의2, 제8조의3”으로, “제104조의15 및 제104조의18”을 “제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22”로 한다.

제132조제2항 각 호 외의 부분 중 “제16조 및 제122조”를 “제16조”로 하고, 같은 항 제3호 중 “제104조의18, 제122조”를 “제104조의18”로 한다.

제133조제1항제2호나목을 다목으로 하고, 같은 호에 나목을 다음과 같이 신설하며, 같은 호 다목(종전의 나목) 중 “제77조(100분의 40 및 100분의 50의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)”를 “제77조”로 한다.
나. 5개 과세기간의 제70조 및 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

제140조제2항 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 제4호에 따른 취득세의 경우에는 「지방세법」 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 1천분의 20을 경감한 세율을 적용한다.

제144조제1항 중 “제7조의2”를 “제7조의2, 제8조의3”으로, “제104조의18”을 “제104조의18, 제104조의22”로 하고, “금액”을 “금액[제26조제1항 단서를 적용받아 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액(제26조제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)을 포함한다]”으로 하며, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 제26조제1항 단서에 따라 해당 과세연도에 공제받지 못하여 이월된 금액(제26조제6항에 따라 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 납부한 금액을 포함한다)에 대하여는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 한도로 하여 공제한다.
[이월공제받는 과세연도의 상시근로자 수 - 이월공제받는 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자로서 대통령령으로 정하는 청년근로자 수(이하 이 항에서 “이월공제연도의 청년근로자수”라 한다) - 다음 각 호의 수 중 큰 수] × 1천만원 + 이월공제연도의 청년근로자수 × 1천500만원

제144조제1항에 제1호부터 제3호까지를 각각 다음과 같이 신설한다.
1. 이월공제받는 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수
2. 이월공제받는 금액의 해당 투자가 이루어진 과세연도의 직전 과세연도의 상시근로자 수
3. 제26조제6항에 따라 상시근로자 수가 감소하여 소득세 또는 법인세를 납부한 경우 그 상시근로자 수가 감소한 과세연도(2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도)의 상시근로자 수
법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제73조제1항 중 “청약저축”을 “청약저축 및 법률 제7030호 한국주택금융공사법 부칙 제2조에 따라 폐지된 「근로자의 주거안정과 목돈마련지원에 관한 법률」에 따른 근로자주택마련저축”으로 한다.

법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제74조제3항 중 “2010년 12월 31일”을 “2011년 12월 31일”로 한다.

법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제78조 제목 외의 부분을 다음과 같이 한다.
2012년 12월 31일까지 기업도시개발구역(법률 제7310호 기업도시개발 특별법 부칙 제2조에 따라 시범사업으로 선정된 기업도시개발사업에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 입주하는 경우 또는 2012년 말까지 입주하기로 입주협약이나 양해각서를 체결한 기업이 2014년 12월 31일까지 기업도시개발구역에 입주하는 경우 제121조의17의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 감면한다.

부칙
제1조(시행일) 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의23의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조의2제4항ㆍ제5항의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제73조(제1항제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의4제13항, 제104조의16제4항제2호 및 제129조제1항의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 이 법 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
③ 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
④ 이 법 중 상속세 및 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다.
⑤ 이 법 중 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세물품을 판매장에서 판매하거나 제조장 또는 보세구역으로부터 반출 또는 수입신고하는 분, 입장행위를 하는 분부터 적용한다.
⑥ 이 법 중 취득세 및 등록면허세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.
⑦ 이 법 중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧ 이 법 중 재산세, 지역자원시설세 및 종합부동산세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
⑨ 이 법 중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
제3조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제3항제19호 및 제23호부터 제26호까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 창업하거나 지정 또는 확인받는 분부터 적용한다.
제4조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제5조(상생협력 중소기업으로부터 받은 수입배당금의 익금불산입에 관한 적용례) 제8조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하여 받는 수입배당금부터 적용한다.
제6조(대ㆍ중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 시 세액공제에 관한 적용례) 제8조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제7조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제10조제1항제3호나목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업의 연구ㆍ인력개발비부터 적용한다.
제8조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제12조의2제1항 및 제3항부터 제6항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 연구개발특구에 입주하는 기업부터 적용한다.
제9조(중소기업창업투자조합 출자 등에 관한 소득공제에 관한 적용례) 제16조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2제4항 및 제5항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제18조의2제4항 및 제5항의 개정규정 시행 후 최초로 지급하는 소득부터 적용한다.
제11조(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의2제1항 본문의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제12조(환경보전시설 투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제13조(의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제25조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제14조(고용창출투자세액공제에 관한 적용례) ① 제26조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
② 2011년 12월 31일까지의 투자분에 대하여는 종전의 제26조에 따른 임시투자 세액공제 및 제26조의 개정규정에 따른 고용창출투자세액공제를 동시에 적용할 수 있다. 이 경우 종전의 제26조제1항 중 “금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을”은 “금액에 100분의 4(수도권 밖의 투자 및 중소기업의 수도권과밀억제권역 밖의 투자에 대하여는 100분의 5로 한다)를”로 본다.
③ 제72조에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례, 제127조에 따른 중복지원 배제, 제128조에 따른 추계과세 시 등의 감면배제, 제132조에 따른 최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제, 제144조에 따른 세액공제액의 이월공제, 제146조에 따른 감면세액의 추징 규정을 적용함에 있어서 제2항에 따른 임시투자 세액공제는 제26조의 개정규정에 따른 세액공제로 본다. 다만, 동일한 과세연도에 제2항에 따른 임시투자 세액공제와 제30조의4에 따른 고용증대세액공제는 동시에 적용할 수 있다.
제15조(사업전환 무역조정지원기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제33조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 사업전환하는 분부터 적용한다.
제16조(기업의 금융채무 상환을 위한 자산매각에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제34조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제17조(자산의 포괄적 양도 시 감면ㆍ세액공제 승계에 관한 적용례) 제37조제4항부터 제6항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제18조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.
제19조(채무의 인수ㆍ변제에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제39조제1항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인수ㆍ변제하는 분부터 적용한다.
제20조(주주등의 자산양도에 관한 법인세 등 과세특례에 관한 적용례) 제40조제1항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증여받거나 양도하는 분부터 적용한다.
제21조(감자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제45조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증여받아 소각하는 분부터 적용한다.
제22조(기업 간 주식등의 교환에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제23조(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제24조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) 제63조의2제2항제2호가목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 이전하는 기업부터 적용한다.
제25조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조제2항, 제3항, 제5항 및 제9항(“제1항 및 제2항”의 개정부분만 해당한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제26조(사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ① 제85조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 인증받은 사회적기업부터 적용한다.
② 제85조의6제2항 및 제4항부터 제6항까지의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행 전에 장애인 표준사업장으로 인정받은 경우에는 2011년 1월 1일에 그 인정을 받은 것으로 보아 제85조의6제2항 및 제4항부터 제6항까지의 개정규정을 적용한다.
제27조(연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) 제86조의2제1항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 납입하는 분부터 적용한다.
제28조(선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의5제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 받는 배당소득부터 적용한다.
제29조(사회기반시설투융자회사 주식의 배당소득에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 받는 배당소득부터 적용한다.
제30조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) ① 제94조제1항 각 호 외의 부분의 개정규정 중 제1호 또는 제2호의 시설로서 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 제3호의 시설에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
② 제94조제1항제5호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제31조(동업기업의 소득의 계산 및 배분명세 신고에 관한 적용례) 제100조의23제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 과세연도 분부터 적용한다.
제32조(정비사업조합에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의7제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제33조(제3자물류비용에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의14제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
제34조(해외자원개발투자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의15제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 투자하거나 출자하는 분부터 적용한다.
제35조(대학 재정 건전화를 위한 과세특례에 관한 적용례) ① 제104조의16제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
② 제104조의16제4항 각 호 외의 부분의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제36조(기업의 운동경기부 설치ㆍ운영에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의22의 개정규정은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도에 최초로 설치하는 분부터 적용한다.
제37조(국제회계기준 등 적용 내국법인에 대한 대손충당금 환입액의 익금불산입에 관한 적용례) 제104조의23의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제104조의23의 개정규정의 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제38조(해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제104조의24의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국내에서 창업하거나 사업장을 신설하는 분부터 적용한다.
제39조(농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제106조의2제10항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 농업ㆍ임업ㆍ어업용 외의 용도로 사용하는 면세유부터 적용한다.
제40조(택시용 연료에 대한 개별소비세 등의 감면에 관한 적용례) 제111조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.
제41조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의2제14항부터 제17항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제42조(증자의 조세감면에 관한 적용례) 제121조의4제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 조세감면을 신청하는 증자분부터 적용한다.
제43조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의8제2항부터 제5항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제주첨단과학기술단지에 입주하는 기업부터 적용한다.
제44조(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의9제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주하는 기업부터 적용한다.
제45조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의17제1항, 제4항부터 제8항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 기업도시개발구역에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업부터 적용한다.
제46조(아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의20제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주하는 기업부터 적용한다.
제47조(금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의21제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 금융중심지에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업부터 적용한다.
제48조(양도소득세의 감면 배제 등에 관한 적용례) 제129조제1항의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 제129조제1항의 개정규정 시행 후 최초로 매매계약하는 분부터 적용한다.
제49조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용특례) 제133조제1항제2호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다)에 따라 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.
제50조(택시연료에 대한 개별소비세 등의 면제에 관한 특례) 제111조의3제1항에 따른 부탄을 공급받는 개인택시운송사업자가 「부가가치세법」 제25조제1항에 따른 간이과세자인 경우에는 「개별소비세법」 제1조제7항 및 같은 법 시행령 제2조의2에 따른 세율과 그에 따른 교육세율을 적용한 부가가치세를 면제한다.
제51조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제에 관한 특례) 2011년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도의 「법인세법」 제63조제1항에 따른 중간예납세액을 계산할 때에는 해당 사업연도의 직전 사업연도의 최저한세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한다. 이 경우 「법인세법」 제63조제1항제1호에 따른 감면된 법인세액은 제132조제1항의 개정규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다.
제52조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
제53조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업의 연구ㆍ인력개발비에 대하여는 제10조제1항제3호나목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제54조(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 연구개발특구에 입주한 기업에 대하여는 제12조의2제1항 및 제3항부터 제6항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제55조(자산의 포괄적 양도 시 감면ㆍ세액공제 승계에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 이루어진 자산의 포괄적 양도에 대하여는 제37조제4항부터 제6항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제56조(주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대하여는 제38조의2제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 제1항에도 불구하고 종전의 제38조의2제3항제4호는 이 법 시행 전에 최대주주가 자회사의 임원으로 취임한 경우에만 적용한다.
제57조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 수도권 밖으로 이전한 기업에 대하여는 제63조의2제2항제2호가목의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제58조(기부금의 과세특례 폐지에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 제73조(제1항제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의4제13항 및 제104조의16제4항제2호의 개정규정의 시행일 전에 지출하는 기부금에 대하여는 같은 규정의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제59조(농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 농업ㆍ임업ㆍ어업용 외의 용도로 사용한 면세유에 대하여는 제106조의2제10항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제60조(개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 교육세 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제111조제2항 및 제111조의3제1항에 따라 면제하였거나 면제하여야 할 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
제61조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 조세감면을 신청한 외국인투자에 대하여는 제121조의2제14항부터 제17항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제62조(증자의 조세감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 조세감면을 신청한 증자분에 대하여는 제121조의4제5항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제63조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제주첨단과학기술단지에 입주한 기업에 대하여는 제121조의8제2항부터 제5항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제64조(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역에 입주한 기업에 대하여는 제121조의9제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제65조(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 기업도시개발구역에 입주ㆍ창업하거나 사업장을 신설한 기업 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제78조에 따른 2010년 1월 1일 전에 기업도시개발구역에 입주하기 위하여 입주협약 또는 양해각서를 체결하고 2012년 12월 31일까지 기업도시개발구역에 입주하는 기업에 대하여는 제121조의17제1항, 제4항부터 제8항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제66조(아시아문화중심도시 투자진흥지구 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 아시아문화중심도시 투자진흥지구에 입주한 기업에 대하여는 제121조의20제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제67조(금융중심지 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 금융중심지에 창업하거나 사업장을 신설한 기업에 대하여는 제121조의21제1항, 제4항부터 제7항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

[일부개정]
◇ 개정이유
감면의 혜택이 주로 대기업에 집중되고 상시적인 운용으로 실효성이 약화된 임시투자세액공제제도를 고용창출과 연계시켜 1년 더 존치시키고, 수도권 밖 회원제 골프장에 대한 개별소비세 면제는 일몰 종료시키며, 택시용 LPG부탄에 대한 개별소비세ㆍ교육세 감면의 일몰을 연장하며, 수도권과밀억제권역 밖 시ㆍ군 소재 의료법인의 고유목적사업준비금의 손금산입 범위를 확대하고, 국민주택규모 이하 노인복지주택에 공급하는 일반관리 경비청소 용역에 대한 부가가치세를 면제하며, 근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제의 대상에 무주택 종업원 임대용 국민주택 및 종업원용 기숙사로 사용할 목적으로 구입한 지방 미분양주택을 추가하고, 지역 특구 및 외국인투자에 대해 감면한도를 신설하며, 에너지절약 시설투자 세액공제의 공제율을 축소하고, 해외에서 국내로 복귀하여 수도권 밖에 창업한 기업에 대해 법인세 등의 감면을 하며, 6개 시범 기업도시의 경우에는 기존 사업장을 이전하는 경우에도 법인세 등을 감면하려는 것임.
◇ 주요내용
가. 창업중소기업 세액감면 및 중소기업 특별세액감면의 대상 업종 확대(안 제6조제3항 및 제7조제1항)
1) 일자리 창출을 지원하기 위하여 고용유발효과가 큰 건물ㆍ산업설비 청소업, 경비ㆍ경호서비스업, 시장ㆍ여론조사업, 인력공급ㆍ고용알선업(농업노동자 공급업 포함) 등을 창업중소기업 세액감면 또는 중소기업 특별세액감면 업종에 추가함.
2) 세액감면 대상인 직업기술 교육 분야 중소기업 범위에 「근로자직업능력 개발법」에 따른 훈련시설(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우에 한함)을 운영하는 중소기업을 추가함.
3) 고령화 사회로의 진행에 따라 노인복지서비스 확충을 지원하기 위하여 「노인장기요양보험법」에 따른 재가장기요양기관 운영사업을 중소기업 특별세액감면 대상 업종에 추가함.
나. 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업의 조세 부담 완화(안 제10조제1항 및 제132조제1항)
1) 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업에 대하여 일반연구ㆍ인력개발비 세액공제율을 25퍼센트에서 중소기업에 해당하지 아니하게 된 후 3년간 15퍼센트, 그 후 2년간 10퍼센트로 단계적으로 축소하고, 최저한세율도 7퍼센트에서 중소기업에 해당하지 아니하게 된 후 3년간 8퍼센트, 그 후 2년간 9퍼센트로 단계적으로 인상되도록 함.
2) 중소기업에 해당하지 아니하게 됨에 따른 조세 부담 증가를 완화하여 중소기업에서 중견기업으로 성장하는 데에 도움이 될 것으로 기대됨.
다. 지역특구 내 기업ㆍ외국인투자기업에 대한 감면한도 및 고용인센티브 신설(안 제12조의2, 제121조의2, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20 및 제121조의21)
1) 지역특구 내 기업 및 외국인투자기업에 대한 총 세제지원 한도를 투자금액의 50퍼센트부터 70퍼센트까지로 설정하고, 고용을 증대시키는 경우에는 투자금액의 20퍼센트까지 추가로 세제지원을 하도록 함.
2) 투자금액에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 것을 방지하고 지역특구 내 기업 또는 외국인투자기업의 고용증대를 유도할 것으로 기대됨.
라. 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제 적용시한 연장(안 제16조제1항)
중소기업창업투자조합 등에 대한 출자 또는 투자금액에 대한 소득공제의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 2년 연장함.
마. 외국인 근로자에 대한 근로소득 원천징수 개선(안 제18조의2제4항)
1) 외국인 근로자의 근로소득에 대하여 소득세를 원천징수하는 경우 근로소득간이세액표에 의한 원천징수 방법과 15퍼센트 단일세율에 의한 원천징수 방법 중 선택할 수 있도록 함.
2) 외국인 근로자들의 소득세 납세 편의가 향상될 것으로 기대됨.
바. 에너지절약시설 투자에 대한 세액공제율 조정 및 한도 폐지(안 제25조의2)
에너지절약시설 투자에 대한 세액공제율을 20퍼센트에서 10퍼센트로 변경하고, 공제한도는 폐지함.
사. 환경보전시설 투자에 대한 세액공제 적용시한 연장(안 제25조의3제1항)
저탄소ㆍ녹색성장을 지원하기 위하여 환경보전시설 투자세액공제제도의 적용시한을 2013년 12월 31일까지 3년 연장함.
아. 임시투자 세액공제의 공제율 조정 및 고용창출투자세액공제제도 도입(안 제26조, 부칙 제14조)
임시투자 세액공제의 공제율을 4퍼센트(수도권 밖의 투자 등에 대해서는 5퍼센트)로 축소하고, 1퍼센트를 한도로 고용창출투자분만큼 공제하는 고용창출투자세액공제제도를 도입함.
자. 고용유지중소기업 등에 대한 과세특례 적용시한 연장(안 제30조의3제1항 및 제3항)
고용유지 중소기업 및 근로자에 대한 소득공제 적용시한을 2011년 12월 31일까지 1년 연장함.
차. 가업의 승계에 대한 증여세 과세특례 적용시한 연장 등(안 제30조의6제1항)
가업승계를 활성화하기 위하여 가업승계 증여세 과세특례 제도의 적용시한을 2013년 12월 31일까지 3년 연장하고, 수증자 요건을 명확히 함.
카. 경영이양 직접지불보조금 지급대상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용시한 연장(안 제69조제1항)
1) 경영이양 직접지불보조금 제도가 2012년 말까지 연장 운영됨에 따라 경영이양 직접지불보조금 지급대상 자경농지에 대한 양도소득세 감면기간을 2012년 12월 31일까지 2년 연장함.
2) 고령은퇴 농업인의 소득안정과 농업경쟁력 제고에 기여할 것으로 기대됨.
타. 의료법인의 고유목적사업준비금 손금산입 허용(안 제74조제4항)
수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령이 정하는 지역에 위치한 의료법인에 대하여 수익사업소득의 80퍼센트까지 고유목적사업준비금으로 손금에 산입 허용함.
파. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면요건 완화(안 제77조제2항 신설, 안 제77조제9항)
공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 지원하기 위하여 토지 등을 양도한 후에 공익사업 시행인가를 받은 경우 공익사업용 토지로 보아 양도소득세를 감면하고, 증여받은 토지 등이 수용 등에 따라 양도되어 이월과세가 적용되는 경우에는 증여자의 취득시기를 해당 토지 등의 취득시기로 봄.
하. 장애인표준사업장에 대한 세제지원 신설(안 제85조의6제2항 신설)
1) 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따른 장애인 표준사업장에 대하여 소득세 또는 법인세를 4년간 50퍼센트 감면함.
2) 장애인 등 취약계층의 일자리 창출에 기여할 것으로 기대됨.
거. 연금저축 및 퇴직연금 납입액에 대한 소득공제 확대(안 제86조의2제1항 및 제5항)
1) 연금저축 및 퇴직연금 납입액에 대한 소득공제 한도를 연간 300만원에서 400만원으로 확대함.
2) 노후소득의 안정적 확보 및 저축 장려에 기여할 것으로 기대됨.
너. 근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제 적용범위 및 공제율 확대(안 제94조제1항)
1) 근로자복지증진시설 투자세액공제 적용 대상에 종업원용 휴게실과 체력단련실을 추가하고, 무주택 종업원 임대용 국민주택 또는 종업원용 기숙사로서 지방 미분양주택과 「영유아보육법」에 따른 직장보육시설에 대해서는 공제율을 현행 7퍼센트에서 10퍼센트로 확대함.
2) 근로자의 근무환경이 개선되고, 직장여성의 고용안정을 지원할 수 있을 것으로 기대됨.
더. 영세개인사업자의 결손처분세액 납부의무 소멸특례 적용시한 연장(안 제99조의5제1항 및 제2항)
1) 영세개인사업자의 결손처분세액 납부의무 소멸특례의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 2년 연장함.
2) 결손처분된 체납세금으로 경제활동 재개에 어려움을 겪고 있는 영세개인사업자를 지원함으로써 서민경제 활성화에 기여할 것으로 기대됨
러. 해외자원개발투자에 대한 과세특례 적용시한 연장(안 제104조의15제1항)
에너지 자주개발률 확대 등 해외자원개발을 지원하기 위하여 해외자원개발투자세액공제제도의 적용시한을 2013년 12월 31일까지 3년 연장함.
머. 기업의 운동경기부 설치ㆍ운영에 대한 과세특례 신설(안 제104조의22 신설)
비인기 체육종목을 활성화하기 위하여 내국법인이 설치한 운동경기부의 운영비 중 일부를 세액공제함.
버. 해외진출기업의 국내 복귀에 대한 세액감면 신설(안 제104조의24 신설)
1) 국외 사업장을 국내로 이전하여 수도권 밖의 지역에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업에 대하여 소득세 또는 법인세를 일정기간 동안 감면함.
2) 국내 복귀기업에 대한 세제지원을 통하여 일자리 창출을 지원할 것으로 기대됨.
서. 사립학교 민간자본 유치사업에 대한 부가가치세 면제의 적용시한 연장(안 제106조제1항 각 호 외의 부분 후단)
사립학교 민간자본 유치사업에 대한 부가가치세 면제의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 2년 연장함.
어. 노인복지주택의 일반관리용역 등에 대한 부가가치세 면제(안 제106조제1항제4호의4 신설)
국민주택 규모 이하 노인복지주택의 일반관리용역ㆍ경비용역 및 청소용역에 대한 부가가치세를 면제함.
저. 목재펠릿의 공급에 대한 부가가치세 면제(안 제106조제1항제12호 신설)
1) 친환경연료인 목재펠릿의 공급에 대하여 2012년 12월 31일까지 부가가치세를 면제함.
2) 농어촌 주민의 연료비 부담 경감 및 자원 재활용을 지원할 것으로 기대됨.
처. 2012세계자연보전총회에 대한 세제지원(안 제106조제2항제14호, 제116조제1항제24호 및 제118조제1항제15호 신설, 안 제116조제2항)
2012세계자연보전총회의 지원을 위하여 부가가치세, 인지세, 관세 등을 면제ㆍ경감토록 함
커. 바이오디젤에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 면제의 적용시한 연장(안 제111조제2항)
석유대체연료에 혼합되어 있는 바이오디젤에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 면제제도의 적용시한을 2011년 12월 31일까지 연장함.
터. 택시용 LPG 부탄에 대한 개별소비세ㆍ교육세 감면의 적용시한 연장(안 제111조의3제1항).
택시용 LPG 부탄에 대한 개별소비세ㆍ교육세 면제를 일부 감면으로 전환하고, 감면의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.
퍼. 수도권 밖 소재 회원제 골프장 입장행위에 대한 개별소비세 면제제도 폐지 등(현행 제112조 및 제112조의2 삭제, 안 제121조의14 및 제121조의18)
1) 수도권 밖에 있는 회원제 골프장에 대한 개별소비세 면제제도를 폐지하고, 제주특별자치도, 관광레저형 기업도시 소재 골프장에 대한 개별소비세 면제제도의 적용시한은 2012년 12월 31일까지 연장함.
허. 6개 시범 기업도시에 기존사업장을 이전하는 경우 법인세 등의 감면에 대한 경과조치를 규정함(안 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제78조).